L’ESPB est placée sous l’autorité souveraine de l’assemblée générale.
Cette dernière délègue l’administration à un conseil composé de membres émanant des institutions suivantes :
- SeDEF : Services Diocésains de l’Enseignement Fondamental.
- FeDEFOC : Fédération de l’Enseignement Fondamental Catholique.
- CoDEF : Collège des Directeurs de l’Enseignement Fondamental.
- FoCEF : Formation Continuée des Enseignants du Fondamental.
- Hautes Écoles : Départements pédagogiques des Hautes Écoles Léonard de Vinci et Galilée.
- ESPB : au moins trois administrateurs (direction, formateurs, étudiants).
Les structures mises en place favorisent la participation de tous les partenaires.